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幼くして姉と生き別れ、今は児童養護施設で暮らす少年・星矢は、ある日小宇宙（コスモ）と呼ばれる内なる力に目覚めたことから、聖闘士と女神アテナを巡る争いに巻き込まれてしまう。
聖闘士になれば姉の行方がわかると言われた星矢は、厳しい修行の末、天馬星座（ペガサス）の聖衣を勝ち取り、銀河戦争（ギャラクシアンウォーズ）会場へと向かう。
そこには同じく聖闘士としての修行を終えて集った若き青銅聖闘士（ブロンズセイント）たちがいた。
次々と現れるアテナを亡き者にしようとする刺客と、聖域（サンクチュアリ）の陰謀に立ち向かう星矢たち。
人類とアテナの運命は若き聖闘士たちの手に委ねられた。