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少女小夏睁开眼睛，看到周围都是大海。突然被卷入汹涌大海的她，与阿岚、蝉丸、牡丹一起达到一座岛屿。在这个岛上蔓延着未开化的丛林，他们不断受到巨大化的植物、凶暴化的动物和昆虫袭击，再次面临与死亡相邻的求生生活。
在那种情况下，他们从自称是引导人的人物那里听说了一个让人难以置信的计划。这就是为了避免人类灭绝，将年轻健康的人类冷冻保存起来，为灾难过后的地球留下人类的种子的伟大计划——“7SEEDS计划”。
他们初次知道自己正是被这个计划选中的人类时感到愕然。
“7SEEDS计划”选中的年轻人在这个时过境迁的世界，即使环境再残酷也要拼命地生存下去。