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小惑星の衝突により、地球の主要な大地は全て「シノビ」という名の猛毒に侵されていた。人々は唯一汚染を免れた「海陸」に逃れるが、シノビの生み出した異形のクリーチャーに怯え、世界は絶望の淵に立たされていた。
この危機を救える唯一の存在である「機神将（ギガロード）」を復活させるため、亡国イセの姫巫女・アメと、シノビと戦う力を持つ人間兵器「ヤギュウ」の血を引く少年スオウの二人が立ち上がる。