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全人類が、謎の現象により一瞬で石化して数千年――。
超人的な頭脳を持つ、根っからの科学少年・千空が目覚めた。

文明が滅んだ石の世界(ストーンワールド)を前に、千空は、科学の力で世界を取り戻すことを決意。新たな仲間を集め『科学王国』を作りあげる。
しかし、そこへ霊長類最強の高校生・獅子王司率いる『武力帝国』が立ちはだかる。
人類の浄化を目指し、強大な武力によって科学の発展を阻止しようとする司。
科学vs武力の戦いは激闘の末、千空たち科学王国が優勢となり、両国は遂に和解する。

仲間の謀反によってコールドスリープ状態になった司、そして、全人類を復活すべく、
科学王国は石化光線の発生源、地球の裏側・新世界を目指す！

世界に飛び出て石化の謎を解き明かす！
石の世界(ストーンワールド)大航海時代がついに開幕する――!!