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第三次圣杯战争中冬木之地丢失的大圣杯“第七百二十六号圣杯”在罗马尼亚发现。六十多年后，当初在第三次圣杯战争中勾结纳粹德国的参战魔术师，纠集一群魔术师以千界树一族的名义，向时钟塔宣战，并打算成立新的魔术协会。

他们利用圣杯系统召唤七名从者，而时钟塔利用大圣杯的“非常时期机制”再召唤另一派别的七名从者。圣杯为了裁定这项意料之外的圣杯战争，本身也召唤一名特殊职阶的从者——裁定者。

故事的主轴，就环绕在红黑双方十四名从者和御主的战斗以及制裁者冲突当中。